chatGPT教我学序列比对（序列比对软件seqman）

两个序列的序列比对.方法1-3全部来自chatGPT,我来进行测试。斜体字部分是我新加或修改的地方。总体来看，chatGPT能提供有效线索，但答案不一定都是精确的。

测试数据的准备:

blastdbcmd -db irgsp1.0 -entry chr01 -range 122200-122400 -out test.fa

cp test.fa B

mv test.fa A

方法1

序列比对

可以，命令行代码为：

blat A B -dots -out=html > result.html

Blat是一种序列比对工具，它可以快速比对两个DNA或蛋白序列。它的优势是可靠而又快速，可以大量处理海量的配对数据。

Blat的安装很简单，只需要下载blat源代码，并使用make编译即可，然后将blat作为程序的可执行文件复制到/usr/bin或/usr/local/bin即可。

Blat的源代码可以从官方网站（https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/）下载。

访问它提供的网址:

https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/

      Name                    Last modified      Size  Description      Parent Directory                             -external.i386/          2017-05-25 15:04    -external.x86_64/        2021-11-01 14:04    -linux.x86_64.v369/      2019-02-01 18:05    -linux.x86_64.v385/      2021-08-04 10:50    -linux.x86_64/           2023-01-17 16:04    -macOSX.arm64/           2023-01-18 08:11    -macOSX.x86_64/          2023-01-17 21:59    -testFiles/              2022-11-14 16:52    -userApps.archive/       2023-01-17 16:41    -userApps.src.tgz        2023-01-17 16:40   23M  

看来还是靠谱的。

blast的具体地址为:

https://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64.v369/blat/

chmod +x blat #查看权限发现它没有可执行权限，所以得修改权限

./blat #显示命令提示

把文件blat移到/usr/bin目录

blat A B -dots -out=html > result.html

错误提示:int option -dots must have a value

blat A B -dots=5 -out=html > result.html #这样输入就不报错了

但是这个命令仍然是有问题的。

得下面这样:

blat A B -dots=10 -out=blast result.blast #blast是另外一种输出格式，result.blast前不能加>

方法2

使用BLAST为比对A和B两个序列，可以使用如下命令行代码：

blastn -query A -subject B -outfmt 6 -evalue 0.0001

其中，-evalue参数是可用来设定一定的精确度水平；-outfmt参数用来指定输出格式，可以选择6和7。

方法2不用测，我这样用过。

方法3

另外一种比较A和B序列的方法是使用Smith-Waterman算法，使用CLUSTAL Omega应用程序来实现，命令如下：

clustalo -i A.fa,B.fa -o output.fa

可以使用下面的命令在linux系统中安装CLUSTAL Omega：

sudo apt-get install clustalo

我的系统已经安装了，所以不用再安装了。当然它的命令也是不正确的。正确的得这样

cat A B >AB #输入的序列为一个序列文件，里面是需要比对的多个序列

这样运行才正确:

clustalo -i AB -o output.fa -outfmt=clu

总结:chatGPT会给你答案，但这个答案不一定是非常精确的。不过能做到这一步已经很不错了。